Добрый день. Судьба принадлежности такой доли: общая она или индивидуальная, и соответственно возможности раздела между супругами зависит от срока оплаты доли. Закон говорит, что при принятии решения о создании ООО  учредителями определяется порядок и сроки оплаты уставного капитала, из которого собственно и формируются доли участия. Доли могут быть оплачены в период до 4 месяцев после регистрации  ООО. И если не были оплачены, то права на них не возникает. Почитайте ст.16 закона об ООО.
Поэтому если доля была оплачена в период после регистрации брака, то она общая, если же до брака, то доля индивидуальная.
Регистрация ООО для  цели определения состава общего имущества супругов не имеет существенного значения.